MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-1

Total Repeats: 226

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017404	TAA	2	6	507	512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826783
2	NC_017404	CTA	2	6	555	560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826783
3	NC_017404	TAA	2	6	618	623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826783
4	NC_017404	TTA	2	6	640	645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826783
5	NC_017404	TAA	2	6	690	695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826783
6	NC_017404	A	7	7	707	713	100 %	0 %	0 %	0 %	387826783
7	NC_017404	ATT	2	6	1050	1055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826784
8	NC_017404	T	7	7	1063	1069	0 %	100 %	0 %	0 %	387826784
9	NC_017404	ATA	2	6	1080	1085	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826784
10	NC_017404	TAACT	2	10	1092	1101	40 %	40 %	0 %	20 %	387826784
11	NC_017404	TAA	2	6	1102	1107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826784
12	NC_017404	TTC	2	6	1118	1123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826784
13	NC_017404	AT	3	6	1188	1193	50 %	50 %	0 %	0 %	387826784
14	NC_017404	ATT	2	6	1215	1220	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826784
15	NC_017404	AGTAAT	2	12	1235	1246	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387826784
16	NC_017404	TTTA	2	8	1253	1260	25 %	75 %	0 %	0 %	387826784
17	NC_017404	TCT	2	6	1371	1376	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826784
18	NC_017404	TA	3	6	1384	1389	50 %	50 %	0 %	0 %	387826784
19	NC_017404	AATTT	2	10	1405	1414	40 %	60 %	0 %	0 %	387826784
20	NC_017404	T	7	7	1421	1427	0 %	100 %	0 %	0 %	387826784
21	NC_017404	ATT	2	6	1445	1450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826784
22	NC_017404	TCT	2	6	1476	1481	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826784
23	NC_017404	T	9	9	1516	1524	0 %	100 %	0 %	0 %	387826784
24	NC_017404	A	6	6	1529	1534	100 %	0 %	0 %	0 %	387826784
25	NC_017404	TAA	2	6	1552	1557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826784
26	NC_017404	T	7	7	1585	1591	0 %	100 %	0 %	0 %	387826784
27	NC_017404	A	7	7	1610	1616	100 %	0 %	0 %	0 %	387826784
28	NC_017404	T	6	6	1638	1643	0 %	100 %	0 %	0 %	387826784
29	NC_017404	T	6	6	1650	1655	0 %	100 %	0 %	0 %	387826784
30	NC_017404	T	8	8	1682	1689	0 %	100 %	0 %	0 %	387826784
31	NC_017404	AAC	2	6	1784	1789	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826784
32	NC_017404	TTATCT	2	12	1815	1826	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	387826784
33	NC_017404	CT	3	6	1879	1884	0 %	50 %	0 %	50 %	387826784
34	NC_017404	GAT	2	6	1930	1935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826784
35	NC_017404	TAT	2	6	1954	1959	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826784
36	NC_017404	TTC	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826784
37	NC_017404	T	6	6	1998	2003	0 %	100 %	0 %	0 %	387826784
38	NC_017404	ATAA	2	8	2009	2016	75 %	25 %	0 %	0 %	387826784
39	NC_017404	TTGT	2	8	2137	2144	0 %	75 %	25 %	0 %	387826784
40	NC_017404	ATCCTT	2	12	2162	2173	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	387826784
41	NC_017404	GAATG	2	10	8372	8381	40 %	20 %	40 %	0 %	387826785
42	NC_017404	ATAA	2	8	8382	8389	75 %	25 %	0 %	0 %	387826785
43	NC_017404	AAT	2	6	8397	8402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826785
44	NC_017404	TATTT	2	10	8448	8457	20 %	80 %	0 %	0 %	387826785
45	NC_017404	AT	3	6	8474	8479	50 %	50 %	0 %	0 %	387826785
46	NC_017404	AAT	2	6	8493	8498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826785
47	NC_017404	GAATA	2	10	8516	8525	60 %	20 %	20 %	0 %	387826785
48	NC_017404	TAT	2	6	8556	8561	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826785
49	NC_017404	AAC	2	6	8568	8573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826785
50	NC_017404	A	7	7	8587	8593	100 %	0 %	0 %	0 %	387826785
51	NC_017404	ATTT	2	8	8595	8602	25 %	75 %	0 %	0 %	387826785
52	NC_017404	CTT	2	6	8618	8623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826785
53	NC_017404	CT	3	6	8646	8651	0 %	50 %	0 %	50 %	387826785
54	NC_017404	T	7	7	8687	8693	0 %	100 %	0 %	0 %	387826786
55	NC_017404	ATAA	2	8	8718	8725	75 %	25 %	0 %	0 %	387826786
56	NC_017404	AAG	2	6	8817	8822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826786
57	NC_017404	AAAT	2	8	8827	8834	75 %	25 %	0 %	0 %	387826786
58	NC_017404	T	7	7	8856	8862	0 %	100 %	0 %	0 %	387826786
59	NC_017404	TTC	2	6	9106	9111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826787
60	NC_017404	T	6	6	9133	9138	0 %	100 %	0 %	0 %	387826787
61	NC_017404	CTAT	2	8	9263	9270	25 %	50 %	0 %	25 %	387826787
62	NC_017404	CTT	2	6	9277	9282	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826787
63	NC_017404	CTA	2	6	9287	9292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826787
64	NC_017404	T	6	6	9403	9408	0 %	100 %	0 %	0 %	387826787
65	NC_017404	ATC	2	6	9415	9420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826787
66	NC_017404	T	6	6	9424	9429	0 %	100 %	0 %	0 %	387826787
67	NC_017404	T	6	6	9451	9456	0 %	100 %	0 %	0 %	387826787
68	NC_017404	TA	3	6	9468	9473	50 %	50 %	0 %	0 %	387826787
69	NC_017404	AATTC	2	10	9485	9494	40 %	40 %	0 %	20 %	387826787
70	NC_017404	TTC	2	6	9519	9524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826787
71	NC_017404	TCA	2	6	9557	9562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826787
72	NC_017404	ATT	2	6	9574	9579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826787
73	NC_017404	T	6	6	9578	9583	0 %	100 %	0 %	0 %	387826787
74	NC_017404	CTT	2	6	9711	9716	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826788
75	NC_017404	ATTA	2	8	9763	9770	50 %	50 %	0 %	0 %	387826788
76	NC_017404	T	7	7	9823	9829	0 %	100 %	0 %	0 %	387826788
77	NC_017404	TAA	2	6	9870	9875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826788
78	NC_017404	CTT	2	6	9927	9932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826788
79	NC_017404	TAT	2	6	9991	9996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826788
80	NC_017404	AGG	2	6	10045	10050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826788
81	NC_017404	ATCA	2	8	10054	10061	50 %	25 %	0 %	25 %	387826788
82	NC_017404	ATT	3	9	10075	10083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826788
83	NC_017404	T	8	8	10092	10099	0 %	100 %	0 %	0 %	387826788
84	NC_017404	TAA	2	6	10111	10116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826788
85	NC_017404	TCT	2	6	10136	10141	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826788
86	NC_017404	AAT	2	6	10174	10179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826788
87	NC_017404	ATT	3	9	10186	10194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826788
88	NC_017404	ATTT	2	8	10209	10216	25 %	75 %	0 %	0 %	387826788
89	NC_017404	GTA	2	6	10246	10251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826788
90	NC_017404	T	6	6	10336	10341	0 %	100 %	0 %	0 %	387826788
91	NC_017404	AAT	2	6	10369	10374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826788
92	NC_017404	C	6	6	10397	10402	0 %	0 %	0 %	100 %	387826788
93	NC_017404	TTA	2	6	10419	10424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826788
94	NC_017404	T	8	8	10431	10438	0 %	100 %	0 %	0 %	387826788
95	NC_017404	T	7	7	10446	10452	0 %	100 %	0 %	0 %	387826788
96	NC_017404	TCC	2	6	10458	10463	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826789
97	NC_017404	TA	3	6	10490	10495	50 %	50 %	0 %	0 %	387826789
98	NC_017404	ATT	2	6	10513	10518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826789
99	NC_017404	CTTTTT	2	12	10553	10564	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	387826789
100	NC_017404	TAA	2	6	10565	10570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826789
101	NC_017404	TGT	2	6	10659	10664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826789
102	NC_017404	ATA	2	6	10716	10721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826789
103	NC_017404	TA	3	6	10720	10725	50 %	50 %	0 %	0 %	387826789
104	NC_017404	TCA	2	6	10735	10740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826789
105	NC_017404	AAAT	2	8	10755	10762	75 %	25 %	0 %	0 %	387826789
106	NC_017404	T	6	6	10775	10780	0 %	100 %	0 %	0 %	387826789
107	NC_017404	TTA	2	6	10783	10788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826789
108	NC_017404	A	6	6	10809	10814	100 %	0 %	0 %	0 %	387826789
109	NC_017404	TTA	2	6	10831	10836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826789
110	NC_017404	ATT	2	6	10861	10866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826789
111	NC_017404	AT	3	6	10875	10880	50 %	50 %	0 %	0 %	387826789
112	NC_017404	T	7	7	10920	10926	0 %	100 %	0 %	0 %	387826789
113	NC_017404	T	8	8	10931	10938	0 %	100 %	0 %	0 %	387826789
114	NC_017404	T	6	6	10947	10952	0 %	100 %	0 %	0 %	387826789
115	NC_017404	TAA	2	6	10968	10973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826789
116	NC_017404	TTA	2	6	11035	11040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826790
117	NC_017404	GTAATA	2	12	11065	11076	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387826790
118	NC_017404	T	6	6	11106	11111	0 %	100 %	0 %	0 %	387826790
119	NC_017404	AAT	2	6	11121	11126	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826790
120	NC_017404	TTTAT	2	10	11156	11165	20 %	80 %	0 %	0 %	387826790
121	NC_017404	ATT	2	6	11197	11202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826790
122	NC_017404	TATT	2	8	11229	11236	25 %	75 %	0 %	0 %	387826790
123	NC_017404	T	6	6	11235	11240	0 %	100 %	0 %	0 %	387826790
124	NC_017404	ATTT	2	8	11250	11257	25 %	75 %	0 %	0 %	387826790
125	NC_017404	T	7	7	11263	11269	0 %	100 %	0 %	0 %	387826790
126	NC_017404	TCT	2	6	11274	11279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826790
127	NC_017404	T	7	7	11297	11303	0 %	100 %	0 %	0 %	387826790
128	NC_017404	AT	4	8	11338	11345	50 %	50 %	0 %	0 %	387826790
129	NC_017404	TATTTC	2	12	11350	11361	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	387826790
130	NC_017404	TCTAA	2	10	11390	11399	40 %	40 %	0 %	20 %	387826790
131	NC_017404	CTT	2	6	11406	11411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826790
132	NC_017404	TTG	2	6	11431	11436	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826790
133	NC_017404	T	7	7	11495	11501	0 %	100 %	0 %	0 %	387826790
134	NC_017404	T	6	6	11519	11524	0 %	100 %	0 %	0 %	387826790
135	NC_017404	GTA	2	6	11546	11551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826790
136	NC_017404	T	7	7	11554	11560	0 %	100 %	0 %	0 %	387826790
137	NC_017404	AG	3	6	11579	11584	50 %	0 %	50 %	0 %	387826790
138	NC_017404	AT	3	6	11586	11591	50 %	50 %	0 %	0 %	387826790
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.